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医学院范义辉教授和毛仁芳教授团队开发数据库查询系统助力功能基因组学研究

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发布时间:2020-04-05 15:38阅读次数:2565来源单位:医学院(护理学院)(临床技能训练中心挂靠) 责任编辑:刘佳昕

4月2日,中国免疫学顶级期刊、中国免疫学杂志英文版<<Cellular & Molecular Immunology>>(影响因子8.2, 中科院一区)在线发表我校医学院范义辉教授和毛仁芳教授团队开发数据库查询系统的研究成果,此系统的开发将极大方便生物学家筛选重要的DNA调控元件,助力功能基因组学研究。

人类的遗传物质(基因组),由大约31.6亿个A、T、C、G四种碱基对组成。这些碱基DNA链线性排列大约长2米,通过高度有序的组装,存储在直径只有5微米的细胞核内。这些遗传物质中,只有不到2%的DNA序列可以编码蛋白质。在很长一段时间内,不编码蛋白质的DNA被称为“垃圾DNA”。然而,越来越多的证据表明,这些“垃圾DNA”对于基因的时空表达具有重要的调控功能,是决定细胞命运的重要调控元件。然而,和已经研究并明确标注的基因相比,研究这些“垃圾DNA”存在较大困难。DNA的可接近性(accessibility)是“垃圾DNA”是否发挥功能的重要标准,可以通过高通量的测序技术获得,但这些未标注的原始测序结果很难被科学学家直接应用,极大地阻碍了后续的功能研究。 

为了解决功能基因组学研究中的这一瓶颈问题,医学院范义辉教授和毛仁芳教授团队,开发了一个一站式查询系统(SPACE, http://fun-science.club/SPACE)。研究者可以像查询基因一样,查询DNA调控元件和基因表达的关系及肿瘤病人的预后等信息。SPACE查询系统是国际上首个能直接查询ATAC信号和肿瘤病人表达谱和预后的数据系统,该系统主要由医学院本科生团队开发而成。

(周高惠)

医学院范义辉教授和毛仁芳教授团队开发数据库查询系统助力功能基因组学研究。


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