1、深入开展学习实践科学发展观活动。
2009年，根据江苏省委部署，我校开展了深入学习实践科学发展观活动。全校上下进一步凝聚了科学发展共识，更新了发展理念，明确了科学发展的方向，厘清了科学发展的思路，为学校未来实现跨越发展、和谐发展、协调发展，建设高水平、有特色的地方综合性大学奠定了坚实的思想基础。学校成立服务地方办公室，实施了服务地方“五个一”行动计划，受到了社会各界的广泛关注和普遍赞誉。中央巡回检查组组长徐荣凯和江苏省委副书记王国生对我校学习实践活动给予了高度评价。
2、我校被确定为博士学位授权立项建设单位。
3、江苏省人民政府和交通运输部共建南通大学。
2009年11月初，江苏省政府和交通运输部联合下发《关于共建南通大学的意见》。省政府将我校列为重点建设高校，支持我校发展交通运输行业急需的新专业，加大对我校交通运输相关重点学科、重点实验室的扶持力度。交通运输部将把我校作为交通运输行业人才培养、科学研究和科技成果转化的重要基地，鼓励学校发挥传统学科专业优势，支持学校发展交通与医学等交叉学科专业，使学校更好地为交通运输事业发展服务。为适应省部共建新形势，学校成立交通运输工程研究院，下设6个研究所。
4、教学工作取得标志性成果。
《以课程为桥梁，建构“楚辞学”人才培养与学术传承一体化工程》获国家级教学成果二等奖，《人体解剖学》课程被评为国家精品课程，《医学信息检索教程》被评为国家精品教材，临床技能训练中心被批准为2009年度国家级实验教学示范中心建设单位，“汉语言文学”专业被遴选为国家特色专业建设点。我校代表江苏高校参加全国体育教育专业学生基本功大赛，荣获全部三个团体奖项一等奖，我校四位学生荣获全国大学生英语竞赛特等奖，我校参加全国机器人大赛获机器人越障游中国比赛亚军。
5、科研工作再上新台阶。
2009年我校高层次科研项目申报再攀新高，获国家自然科学基金23项、国家社科基金项目6项、教育部各类项目14项、省科技成果转化基金项目2项、江苏省自然科学基金10项、省属高校自然科学重大基础研究项目2项、省社会科学基金项目7项、省高校科研成果产业化推进项目2项。神经再生重点实验室荣获全国教育系统先进集体荣誉称号。国家新闻出版总署批准《南通医学院学报》更名为《南通大学学报》（医学版）（刊号为CN32-1807R）。《高校后勤资源配置研究》荣获教育部第五届高等学校科学研究优秀成果三等奖。
6、我校与启东市人民政府共建启东校区。
为进一步发挥我校的智力优势、学科优势和启东在沿海开发中的区位优势、比较优势，经我校与启东市人民政府反复协商和科学论证，决定共建南通大学启东校区，
7、主校区基本建设扎实推进。
图文信息中心A楼等五大工程以及相关配套、附属工程和部分环境景观工程全面开工建设，总建筑面积12.
8、大学生创新教育与就业工作获得佳绩。
学校荣获全国普通高等学校毕业生就业工作先进集体，成为江苏省首批大学生心理健康教育与研究示范中心，校党委书记
9、大学文化建设和廉政文化建设取得成效。
加强大学文化建设，开展了第二届师徳标兵、教学名师、我最喜爱的老师评选活动，用师德建设引领大学文化建设，努力培养“中国灵魂，世界眼光”高素质人才。光明日报、中国教育报先后刊登文章，介绍我校大学文化建设取得的成果。由我校和市纪委联合举办的第四届反腐倡廉南通论坛取得圆满成功，影响力全面提升。人民日报、光明日报等各大主流媒体作了报道。老干部工作和关工委工作多次受到上级表彰。
10、我校隆重举行庆祝新中国成立60周年暨“祖国万岁”歌咏大会。
